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摘要
背景:林奇综合征(Lynch syndrome,LS)不被视为儿童癌症易感综合征的一部分。
病例介绍:对一例儿童骨肉瘤(osteosarcoma,OS)的分析显示高突变(16.8)、端粒替代性延长(alternative lengthening of telomeres,ALT)、肿瘤组织中PMS2表达缺失(非肿瘤细胞中保留)、PMS2杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH),以及PCR检测显示高度微卫星不稳定(microsatellite instability-high,MSI-H)。对外周血进行单核苷酸变异(single-nucleotide variant,SNV)分析,在NM_000535.6:PMS2第10外显子中检出杂合重复变异c.1076dup p.(Leu359Phefs*6),证实患者诊断为LS。肿瘤分子特征提示该OS的发生与LS相关。第2例为一名室管膜瘤女孩,全基因组测序在其肿瘤和胚系材料中检出PMS2第1外显子杂合SNV c.1 A > T p.?。肿瘤分析显示存在ALT证据,突变负荷较低(0.6),PMS2表达保留,MSI较低。多重连接探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)未检出其他PMS2变异,胚系MSI检测也未发现患者淋巴细胞的gMSI比值升高。因此,基本排除了体质性错配修复缺陷(constitutional mismatch repair deficiency,CMMRD),我们的数据不支持该患儿的室管膜瘤与LS相关。
结论:我们的数据提示,LS肿瘤谱可能包括儿童癌症。LS在儿童癌症中的重要性使前瞻性数据收集成为必要。为了探索胚系遗传变异的因果作用,有必要对肿瘤样本开展全面的分子学检查。
背景
人们对患癌儿童和青少年遗传易感性的认识正在稳步提高。据报道,多达8.5%的病例存在癌症易感综合征(cancer predisposition syndrome,CPS)。CPS与多种儿童恶性肿瘤相关;反之,典型儿童癌症也与多种CPS相关。这些关联的数量很可能会在未来几年继续增加。
癌症诊断过程中纳入肿瘤样本的全面遗传检测,可能根据大量突变事件、体细胞突变的特定模式和特征〔包括接近杂合及接近纯合的等位基因频率〕以及染色体碎裂等,提示潜在的遗传易感性。本文报告两名女性患者,分别通过复发OS和室管膜瘤的全面肿瘤分析发现了提示潜在遗传易感性的证据。
OS是儿童和青少年中最常见的骨肿瘤。约10%的患者携带TP53胚系致病变异。然而,OS可发生于不同CPS,包括Li-Fraumeni综合征、视网膜母细胞瘤易感和Rothmund-Thomson综合征等。一项近期研究纳入1,244例OS患者(诊断时平均年龄16岁),结果显示28%的患者在TP53以及既往未与OS关联的基因(如CDKN2A、MEN1、VHL、POT1、APC、MSH2和ATRX)中携带致病性(pathogenic,P)或可能致病性(likely pathogenic,LP)癌症易感基因变异。另一项纳入1,120名不同类型儿童癌症患儿的研究发现,39例OS患者中有7例(18%)携带胚系P/LP变异。
室管膜瘤是一种罕见的原发性脑或脊髓肿瘤,约占儿童和青少年全部中枢神经系统肿瘤的10%。儿童室管膜瘤的遗传易感性图谱仍缺乏充分认识。对1,120名儿童和青少年开展的全基因组和外显子组分析显示,67例室管膜瘤患者中有6%在NF1、NF2和TP53中携带胚系P/LP变异。相比之下,对961例儿童和青少年肿瘤进行的泛癌分析,在59例室管膜瘤患者中未检出任何胚系P/LP变异。有病例报告称,多发性室管膜瘤患者携带APC胚系P/LP变异。
病例介绍
病例报告1(CR1)
一名12岁女孩疼痛持续4个月后,被诊断为股骨近端OS,并伴有广泛血管内瘤栓,延伸至髂外静脉和肺静脉(图1A)。患者按照骨肉瘤治疗方案(EURAMOS 1/COSS)接受6个疗程的MAP化疗(甲氨蝶呤、多柔比星、顺铂)。2个周期后进行肿瘤切除,并植入MUTARS®肿瘤型假体进行重建。依据Salzer-Kuntschik标准,肿瘤退缩分级为3级。髂深静脉区域的手术切缘被认为不足,因此随后实施外半骨盆切除术。完成标准化疗后,因怀疑上下肺叶存在肺肿瘤栓,实施了非典型切除术。组织学评价证实为无活性OS转移灶。15岁时,患者被诊断出单发肺转移(图1B)。肺段切除术后,患者接受36周米伐木肽免疫刺激治疗。17岁时,患者出现竖脊肌内巨大转移灶及颈部和项部淋巴结转移(图1C)。患者接受肌肉部分切除及置换术和颈侧区淋巴结清扫术。3年后,患者仍保持影像学完全缓解。
为了识别治疗靶点,在INFORM项目框架内对第2次复发肿瘤进行分析,包括全外显子组测序、低覆盖度全基因组测序、RNA测序、甲基化分析及表达微阵列分析。项部转移灶分析显示基因组不稳定性增加,伴高突变〔肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)为16.8〕及ALT(表1)。因此,PD1/PDL1抑制剂和PARP抑制剂构成潜在治疗选择。
基于遗传分析结果,研究者怀疑存在错配修复(mismatch repair,MMR)缺陷,因此开展了MMR蛋白免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)染色和MSI分析。肿瘤组织中PMS2表达缺失,而非肿瘤细胞中PMS2表达保留(图2A–C)。PCR检测显示MSI-H。与此一致,INFORM分析显示肿瘤组织中PMS2发生LOH。为了进一步明确遗传易感性,采用NGS对患者外周血进行SNV检测。
SNV分析检出NM_000535.6:PMS2第10外显子杂合重复变异c.1076dup p.(Leu359Phefs*6),并经Sanger测序确认。依据InSIGHT变异解读委员会制定的MMR基因变异分类标准v2.4(2018-06),该PMS2变异被归类为致病性变异(5类;另见补充信息),证实患者诊断为LS。
建议患者每日服用乙酰水杨酸(acetylsalicylic acid,ASA),并开始LS监测。
此前3代家族史中,父系祖母患肾癌(约60岁时死亡),父系姑祖母患白血病(50岁时死亡)。对父母血液进行补充分析证实,PMS2变异遗传自迄今临床未受累的父亲。建议父亲接受LS监测。母系家族史未见可疑癌症。
表1. 患者特征及诊断详情。
病例报告2(CR2)
一名1岁女孩因斜颈就诊,入院前数日曾有一次强直-阵挛性惊厥发作。眼科检查发现Heimann-Bielschowsky现象的证据,提示滑车神经麻痹。磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)显示后颅窝肿瘤包绕脑干,并长入内听道,导致梗阻性脑积水(图1D)。排除了颅脊轴或脑脊液转移。患者接受肿瘤全切除,组织学评价显示WHO III级间变性室管膜瘤/后颅窝室管膜瘤甲基化A亚组。结合当前国际数据并考虑患者年龄,给予54 Gy质子束治疗。2.7岁时,患者被诊断为局部复发(图1E)。肿瘤切除术后,再次给予54 Gy质子束治疗。4.3岁时,随访MRI显示第2次局部复发。再次进行肿瘤切除。由于放疗相关的双侧颈动脉闭塞,患者随后接受血管成形术,并自此开始ASA治疗。3年后,患者发生室管膜瘤第3次局部复发。
图1. 磁共振成像(MRI)、计算机断层扫描(CT)和正电子发射断层扫描(PET)。CR1:(A)股骨和骨盆区域冠状位T2加权MRI,显示左侧股骨近端肿瘤。(B)CT显示单发肺转移。(C)PET显示背部巨大转移灶以及多发颈部和项部转移灶。CR2:(D)矢状位T2加权MRI显示后颅窝肿瘤包绕脑干。(E)轴位T2加权MRI显示第1次局部复发。(F)轴位T2加权液体衰减MRI显示第2次局部复发。
在INFORM项目内对第2次复发肿瘤进行分析,未发现治疗靶点。基于DNA甲基化的分类证实为A组后颅窝室管膜瘤(PF-A)。分析还显示存在ALT证据且TMB较低(0.6)。然而,全基因组测序(whole-genome sequencing,WGS)在肿瘤和胚系材料中检出PMS2第1外显子杂合SNV c.1 A > T p.?,并通过患者外周血Sanger测序进一步确认。依据InSIGHT标准,该变异被归类为可能致病性变异(4类;见补充材料)。
家族史显示,患者母亲年轻成年时患急性髓系白血病(未进一步说明),母系一名表亲5岁时因肉瘤(未进一步说明)死亡。父系家族史无可疑之处。父母迄今拒绝接受自身遗传检测。
为了进一步阐明PMS2胚系变异在肿瘤发生中的作用,我们开展了IHC和MSI分析。第2次复发肿瘤材料中PMS2表达保留,且MSI较低(图2D–F)。为了检测是否存在符合CMMRD的第2个PMS2致病变异,开展了MLPA,但未检出其他PMS2变异。此外,胚系MSI(germline microsatellite instability,gMSI)检测未发现患者淋巴细胞的gMSI比值升高,因此未能证实患儿存在CMMRD。
图2. CR1:(A)OS项部转移灶的苏木精-伊红染色。MMR蛋白IHC染色显示(B)肿瘤细胞中PMS2表达缺失,以及(C)肿瘤细胞中MSH6核表达保留。CR2:(D)室管膜瘤第2次复发灶的苏木精-伊红染色。MMR蛋白IHC显示肿瘤细胞中PMS2(E)和MSH6(F)核表达。A–B、D–F:40×放大;C:100×放大。
讨论与结论
两名患者均通过NGS外周血分析检出PMS2致病变异,高度提示LS诊断。LS由4个DNA MMR基因MLH1、MSH2、MSH6和PMS2之一的杂合胚系P/LP变异或EPCAM缺失所致。LS与结直肠癌和妇科癌症风险增加有关,这些癌症平均在40~50岁发病,但也可能发生泌尿道癌、胃癌等其他肿瘤。
肉瘤不被认为是常见LS肿瘤谱的一部分。然而,儿童癌症基因组计划报告39例OS患者中有2例(5.1%)携带MSH2胚系P/LP杂合变异。在不同儿童癌症的泛癌分析中,发现1例携带MSH2 P/LP变异的OS患者。在一项纳入11项研究的meta分析中,对患癌儿童和青少年开展全面胚系检测后发现,3,975例患者中有19例在一个MMR基因中携带胚系P/LP变异,其中9例携带PMS2变异(脑肿瘤n=4、非脑实体瘤n=4、血液系统肿瘤n=1)。一项纳入1,162例肉瘤患者的国际遗传学研究发现,11例患者携带MMR基因胚系P/LP变异。一项评估LS和肉瘤患者的研究报告,在178例患者中,有27例(15.2%)本人或其家族中存在肉瘤。2名携带MSH2变异的OS患者中,其肉瘤经证实与LS相关,因为肿瘤存在MSH2/MSH6缺陷且为MSI-H。一项近期研究纳入1,244例OS患者,发现MSH2 P/LP变异的频率高于预期。在该研究中,PMS2 P/LP变异携带者仅偶有报告。这与PMS2 P/LP变异在LS患者中的频率低于5%~8%一致。值得注意的是,近期有2例携带PMS2复合杂合变异的CMMRD患者发生OS的报道。
本研究在CR1肿瘤组织中发现PMS2表达缺失和MSI-H,而非肿瘤细胞PMS2免疫染色阳性;与此一致,患者存在PMS2致病性胚系变异,同时肿瘤组织中发生PMS2 LOH。虽然不能排除存在第2个可能漏检的PMS2胚系P/LP变异,但OS中的PMS2 LOH以及非肿瘤细胞中PMS2表达保留,强力支持CR1诊断为LS而非CMMRD。
包括MMR在内的DNA修复通路相关基因,既往已与儿童脑肿瘤易感性相关。虽然CMMRD通常与脑肿瘤发生相关,但LS患者发生脑肿瘤的情况较少见。1996年,荷兰遗传性非息肉病性结直肠癌(HNPCC)登记资料分析报告了1例室管膜瘤合并LS患者。另一方面,关于儿童癌症胚系变异的两项最大规模研究未发现任何携带MMR基因P/LP变异的室管膜瘤患者。欧洲C4CMMRD联盟近期研究报告了87例CMMRD患者,其中包括56例脑肿瘤,但未报告任何室管膜瘤患者。在该系列49例脑肿瘤患者中,有27例携带PMS2纯合或复合杂合变异。直到近期,才首次报道一例CMMRD幼儿发生室管膜瘤。另一方面,两项关于LS患者癌症风险的大型研究未发现PMS2杂合变异携带者的脑肿瘤风险增加。
与此一致,我们的数据不支持CR2的室管膜瘤与LS相关。这进一步说明,突变筛查只能揭示部分信息;为了探索治疗靶点和潜在遗传易感性,有必要对肿瘤图谱进行全面评估。
结论
结合既往报道,我们的数据将一种典型儿童癌症——OS——与LS联系起来。然而,LS在儿童癌症中的作用仍缺乏充分认识,因此需要开展前瞻性数据收集。
为了探索胚系遗传变异的因果作用,有必要对肿瘤样本开展全面的分子学检查。
文献来源
Kuhlen M, Golas MM, Schaller T, et al. Beyond germline genetic testing - heterozygous pathogenic variants in PMS2 in two children with Osteosarcoma and Ependymoma. Hereditary Cancer in Clinical Practice. 2023;21:8. doi:10.1186/s13053-023-00254-4.
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