胚胎干细胞(ESCs)的神经分化需要精确编排的基因调控，这一过程部分由3D染色质结构的变化控制。在这种情况下，这些变化是如何调节基因表达的尚不清楚。

2022年11月28日，南开大学吕万革及张雷共同通讯在Nucleic Acids Research（IF=19）在线发表题为“KLF4 inhibits early neural differentiation of ESCs by coordinating specific 3D chromatin structure”的研究论文，该研究表明KLF4通过协调特定的3D染色质结构抑制ESCs早期神经分化。该研究观察到转录因子KLF4在与神经分化相关的TSSlinked基因区域的一些稳定或闭合增强子上富集。

结合ChIP、HiChIP和RNA-seq数据分析表明，在ESCs中KLF4的缺失会导致3D染色质结构的改变，包括神经分化相关基因和活性增强子之间染色质相互作用环的增加，导致神经分化相关基因的表达上调，从而导致神经分化早期。本研究提示KLF4通过调控3D染色质结构抑制早期神经分化，这是一种早期神经分化的新机制。