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近日，1例男性患者，21岁，病理诊断：考虑为低级别胶质神经元肿瘤，瘤细胞生长活跃，倾向WHO 1-2级，建议行分子检测（SLC44A1::PRKCA等）进一步明确诊断及除外其他。因此，送检肿瘤组织+对照血样本，进行脑肿瘤DNA460+RNA1560基因检测。结果表明，该患者检出SLC44A1-PRKCA融合变异。结合病理报告和WHO分类，建议临床诊断为乳头状胶质神经元肿瘤，CNS WHO 1级。最终的分类分级，仍需临床病理医师综合判断。

图1 患者的病理诊断和基因检测结果

若关注PRKCA融合变异，除了脑肿瘤DNA460+RNA1560基因检测，还可以送检脑肿瘤460基因检测、脑胶质瘤299基因检测和实体瘤1560基因融合RNA检测，辅助乳头状胶质神经元肿瘤诊断。

表1 包括SLC44A1-PRKCA融合变异的胶质瘤基因检测项目简介

一、基因检测辅助PGNT诊断

根据2021年WHO中枢神经系统肿瘤分类，乳头状胶质神经元肿瘤（papillary glioneuronal tumour，PGNT）属于胶质神经元和神经元肿瘤的病理类型之一^[1]。其定义是PGNT是一种胶质神经元肿瘤，表现出双相模式，包含可变比例的假乳头状胶质结构和乳头间神经元成分，并伴有PRKCA基因融合（主要是SLC44A1-PRKCA融合），CNS WHO 1级^[2]。

WHO分类指出，PGNT的必要诊断标准为：①具有双相组织学形态和免疫表型，同时存在假乳头状胶质和乳头间神经元成分；②PRKCA基因融合（主要是SLC44A1-PRKCA融合）；③针对不明确的病灶还需要，乳头状胶质神经元肿瘤的甲基化图谱。理想诊断标准：界限清晰的囊实性肿瘤。说明：PGNT的诊断需更倚重分子结果，这是由于形态学分析经常导致误诊。

图2 WHO分类关于乳头状胶质神经元肿瘤的诊断标准

一项临床研究采集了28例组织学诊断为乳头状胶质神经元肿瘤（PGNT）的组织样本，进行全基因组DNA甲基化检测和t-SNE聚类分析。结果表明，只有11例患者诊断为PGNT，其余17例患者诊断为其他肿瘤，包括8例胚胎发育不良神经上皮肿瘤（DNT）、5例半球型星形细胞胶质瘤（PA HEMI）、1例多形性黄色星形细胞瘤、3例介于DNT和PA HEMI之间无法区分。研究又纳入了3例甲基化诊断为PGNT患者的组织样本。共有19例患者的组织样本进行了RNA-seq，其中包括10例甲基化诊断的PGNT。这10例患者均检出PRKCA融合变异，9例为SLC44A1-PRKCA融合，1例为NOTCH1-PRKCA融合。其他9例甲基化诊断为其他癌种的患者，RNA-seq并未检出PRKCA融合。另外，有2例甲基化诊断为PGNT患者进行了FISH检测，均检出SLC44A1-PRKCA融合。因此，除2例甲基化诊断为PGNT患者未进行PRKCA融合检测外，其他12例患者均检出PRKCA融合变异^[3]。

图3 14例甲基化谱检测确诊PGNT患者的PRKCA融合变异检测结果

一项研究纳入3例PGNT患者和2例形成菊形团的胶质神经元肿瘤（RGNT）患者，采用双色FISH探针检测SLC44A1-PRKCA融合变异。结果提示，2例PGNT患者为阳性，1例PGNT患者为阴性，2例RGNT患者均为阴性^[4]。

图4 PGNT患者FISH检出SLC44A1-PRKCA融合变异而RGNT患者阴性

WHO分类将PGNT分为1级，提示预后较好。完全手术切除是主要预后影响因素。既往有案例报道，组织学形态确诊为PGNT的患者，同时伴Ki67＞20%或间变特征，发生疾病进展或播散。不过，伴PRKCA融合的患者并未发现有这些特点。

图5 案例报道组织学形态诊断为PGNT患者，出现疾病进展或播散

二、PRKCA融合变异发生机制及检测

PRKCA基因位于染色体17q，包括了17个外显子区。PRKCA基因编码的蛋白激酶Cα（PKCα），在细胞分化与增殖中发挥作用，其活性升高与肿瘤发生相关。PRKCA基因融合被认为与PGNT的发病机制相关。常见的SLC44A1-PRKCA融合变异是由于9号染色体和17号染色体发生易位变异t(9;17)(q31;q24)导致的，保留了PKCα的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶催化结构域^[5]。

图6 染色体易位变异t(9;17)(q31;q24)导致SLC44A1-PRKCA融合变异

如上文所述，RNA-seq和FISH这两种方法学均可以用于PRKCA融合变异检测，RT-PCR方法也可以检测。以常见的SLC44A1-PRKCA融合变异为例，SLC44A1基因的断点位于15外显子和16号外显子之间，PRKCA基因的断点位于8号外显子和9号外显子之间。两者融合变异形成的RNA为SLC44A1基因的15号外显子区连接PRKCA基因的9号外显子区^[5]。

图7 SLC44A1-PRKCA融合变异图示

参考文献：

[1]申楠茜, et al. "2021年WHO中枢神经系统肿瘤分类概述." 放射学实践 36.7(2021):14.

[2]WHO Classification of Tumours Editorial Board. WHO classification of tumours. Central Nervous System Tumours [M]. 5th ed. Lyon: IARC Press, 2021.

[3]Hou, Yanghao et al. “Papillary glioneuronal tumor (PGNT) exhibits a characteristic methylation profile and fusions involving PRKCA.” Acta neuropathologica vol. 137,5 (2019): 837-846.

[4]Nagaishi M, Nobusawa S, Matsumura N, et al. SLC44A1-PRKCA fusion in papillary and rosette-forming glioneuronal tumors. J Clin Neurosci. 2016;23:73-75.

[5]Bridge JA, Liu XQ, Sumegi J, et al. Identification of a novel, recurrent SLC44A1-PRKCA fusion in papillary glioneuronal tumor. Brain Pathol. 2013;23(2):121-128.