变异等位基因频率

急性髓系白血病（AML）是一种在细胞遗传学和分子生物学方面具有异质性的疾病，这些特征可用于预后分层和确定治疗靶点。有研究表明，某些基因（如EZH2、SRSF2、TP53）的诊断时高突变等位基因频率（VAF）对AML的预后有负面影响。其中研究最多的基因是TP53；诊断时不同的VAF阈值（即10%或40%）可能对患者的预后产生影响。

尽管根据VAF，突变负担与患者预后有关，但该参数尚未很好地确定用于风险分层。因此学者开展大型流行病学登记组研究，旨在分析通过NGS检测到的基因变异的突变负荷对AML患者治疗结局的影响，重点关注总生存期（OS）。研究近日发表于《Haematologica》。

研究结果

研究设计：该研究是一项非干预性、系统性、回顾性的病历审查研究，纳入2003年至2021年间诊断的3018例成人AML患者，均接受了NGS检测。

患者分组：患者根据一线治疗方案被分为接受强化疗（IC）、非强化疗（non-IC，如去甲基化药物方案）或低剂量阿糖胞苷（LDAC）治疗的组别。

基因检测：使用NGS技术检测与诊断、预后和治疗选择相关的基因突变，包括ASXL1、BCOR、CEBPA、EZH2、FLT3、IDH1、IDH2、NPM1、RUNX1、SF3B1、SRSF2、STAG2、U2AF1、ZRSR2和TP53等。

统计分析：使用SPSS和Stata软件进行统计分析，重点关注VAF作为连续变量的影响。采用Cox比例风险模型评估变量与患者无病生存期（LFS）和OS的关联。使用混合效应回归模型来考虑患者异质性。

患者特征：共纳入3018例成人AML患者，其中2464例在初诊时获得样本，554例在复发难治时获得样本。最常突变的基因是DNMT3A（24.3%），其次是NPM1（22.5%）、TET2（21.2%）和RUNX1（18.8%）。

初诊组：中位年龄为67岁，55.6%接受强化疗，27.1%接受去甲基化治疗，14.9%接受LDAC治疗。强化疗组70.3%获得CR，36.2%接受了移植。中位OS为12.6个月，中位LFS为10.1个月。

对CR的影响：高龄（OR 0.935，p<0.001）和SRSF2基因突变高负荷（OR 0.978，p<0.001）与达到CR的可能性较低相关，而NPM1基因突变高负荷（OR 1.025，p<0.001）与达到CR的可能性较高相关。

混合效应机器学习回归分析：ASXL1 （OR 1.317，p=0.036）、FLT3 （OR 1.382，p=0.028）、JAK2 （OR 1.400，p=0.026）、RUNX1 （OR 2.215，p<0.001）、SRSF2 （OR 3.263，p<0.001）、TET2 （OR 2.662，p<0.001）、TP53 （OR 4.712，p<0.012）和U2AF1 （OR 1.270，p=0.044）的高等位基因负荷与OS不良预后相关；但NPM1负荷增加带来良好预后（OR 2.417，p<0.001）。该模型对LFS的影响不显著。

VAF cutoff值对OS的影响：随后定义突变的VAF cutoff值，分别为ASXL1（0.475）、JAK2 （0.038）、RUNX1（0.043）、SRSF2（0.028）、TET2（0.030）和TP53（0.024）。所有基因的低VAF与较好的OS相关(ASXL1：低VAF vs高VAF，15.84 vs 13.51个月，p=0.025；JAK2: 15.87 vs. 10.10个月，p<0.001；SRSF2: 16.16 vs. 12.49个月，p<0.001；TET2: 17.02月vs. 10.69月，p<0.001；TP53: 17.21个月 vs 6.95个月，p<0.001)，但RUNX1无统计学意义（15.41个月vs 16.03个月，p=0.789）。

不同治疗亚组的影响：

强化治疗组：突变负荷增加1%对强化方案治疗的OS和LFS的影响。BRAF （HR 1.04, p=0.009）、EZH2 （HR 1.03, p=0.005）、KRAS （HR 1.05, p<0.001）、SRSF2 （HR 1.02, p=0.006）、TP53 （HR 1.02, p<0.001）和U2AF1 （HR 1.02, p=0.009）较高的VAF与较差的OS相关，IDH1较高的VAF与较好的OS相关（HR 0.98, p=0.03）。ASXL1（HR 1.02, p=0.016）和CALR (HR 1.02, p=0.033) 高VAF的LFS较差，而IDH2高VAF的LFS较好（HR 0.98, p=0.033）。EZH2为转录调控基因，U2AF1为剪接因子基因；两者都与发育不良有关，并被列入ELN2022分类中的不良风险类别。该研究首次报道高U2AF1 VAF与较差预后之间的关系，既往也没有研究表明高CALR VAF患者有更差的OS或LFS，后者可能与慢性骨髓增殖性肿瘤继发的急性白血病有关，其预后劣于de novo AML。

LDAC组：高龄（HR 1.06, p=0.002）、高白细胞计数（HR 1.01, p<0.001）以及BRAF （HR 1.10, p=0.008）、CBL （HR 1.07, p=0.016）、DNMT3A （HR 1.01, p=0.015）和TP53 （HR 1.01, p<0.001）的高VAF与不良OS相关。未检测到剪接因子对OS有影响

去甲基化药物组：CBL（HR 1.01, p=0.03）和TP53（HR 1.01, p<0.001）的高VAF为OS的不良危险因素。未发现表观遗传因素对预后有影响。

总体而言，TP53 VAF对整体人群和三个治疗亚组的OS均有不良影响。

总结

主要发现：某些信号传导（FLT3、JAK2）、转录因子（RUNX1）、表观遗传（ASXL1、TET2）和剪接因子（SRSF2和U2AF1）基因以及TP53的突变等位基因频率增加，会恶化AML患者的OS。研究还确定了每个基因的具体预后cutoff值。

临床应用：该研究有助于在临床实践中更好地评估AML患者的预后，并可能指导治疗决策。未来也需要更多研究来确认这些结果，并进一步确定VAF在AML患者中的预后或预测价值。

参考文献

Rafael Colmenares, Noemi Alvarez, Eva Barragán, Blanca Boluda, María J. Larráyoz, María Carmen Chillón, Elena Soria-Saldise, Cristina Bilbao, Joaquín Sanchez-García, Teresa Bernal, David Martinez-Cuadron, Cristina Gil, Josefina Serrano, Carlos Rodriguez-Medina, Juan Bergua, José A. Pérez-Simón, María Calbacho, Juan M. Alonso-Domínguez, Jorge Labrador, Mar Tormo, Pilar Herrera-Puente, Cristina Martín-Arriscado, Andrés Arroyo-Barea, Inmaculada Rapado, Claudia Sargas, Iria Vazquez, María J. Calasanz, Teresa Gomez-Casares, Ramón García-Sanz, Rebeca Rodríguez-Veiga, Joaquín Martinez-Lopez, Rosa Ayala, and Pau Montesinos.Collaborative Groups: PETHEMA Group. Prognostic relevance of variant allelic frequency for treatment outcomes in patients with acute myeloid leukemia: a study by the Spanish PETHEMA registry.Haematologica. 2025 Feb 27. doi: 10.3324/haematol.2024.286311

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