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本研究通过下一代测序（NGS）检测 6 例小肠腺癌（SBA）及其对应腹膜转移灶的基因组谱，分析伴腹膜受累的转移性 SBA 的时空异质性。4 例为同时性腹膜转移，其原发灶与转移灶基因组完全一致。相比之下，2 例异时性腹膜转移中的 1 例，相较于配对原发灶出现额外的 KRAS 突变，形态从中分化转为低分化，免疫组化显示错配修复缺陷（dMMR），但 NGS 检测仍为微卫星稳定（MSS）。这些发现提示 SBA 存在病灶间分子异质性，并强调在精准肿瘤学中对异时性转移灶进行重新活检的必要性。
研究背景
小肠腺癌（SBA）包括非壶腹型十二指肠腺癌与空回肠腺癌，是一类罕见肿瘤，近几十年发病率持续上升。与之相反，患者生存结局并未得到显著改善，主要原因在于早期诊断困难。约三分之一的 SBA 患者确诊时即存在远处转移，治疗选择有限。在空回肠型 SBA 中，腹膜是最常见的转移部位。
肿瘤内与病灶间基因组异质性的重要性日益受到认可，其成为包括胃肠道恶性肿瘤在内的多种癌症中，基于靶向治疗和 / 或免疫治疗的精准医学策略的主要障碍。
因此，本研究旨在通过下一代测序（NGS），在一项多中心研究队列中探究 6 例同时具备原发肿瘤（T）组织与对应腹膜转移灶（PM）样本的 SBA 患者的病灶间基因组异质性。
病例报告
6 例患者的主要临床特征总结于表 1。其中 4 例患者（病例 1-4）已纳入本团队既往研究，但本次采用 NGS 分析并结合更新的随访数据进行重新评估。
表1
所有患者均为女性，确诊中位年龄 72 岁，范围 61-77 岁。2 例存在已知易感因素并表现为局限性疾病。病例 3 有克罗恩病病史，病情控制稳定且未接受治疗；病例 6 在 SBA 确诊前 1 年诊断为乳糜泻。
根据国际抗癌联盟（UICC）第 9 版 TNM 分期系统，病例 1、2、4、5 确诊时为晚期疾病，而病例 3、6 确诊时为早期疾病并接受根治性切除。在初诊时即存在 PM 的 4 例患者中，3 例接受了原发灶与转移灶的联合手术切除。
病例 1 表现为回肠狭窄性病变，行开腹手术，同期切除原发肿瘤、清扫淋巴结，并因子宫浆膜层与左侧卵巢存在转移灶而行子宫全切 + 双侧输卵管卵巢切除术。术后 36 天复查计算机断层扫描（CT）显示多发肺、肝及腹膜转移，患者接受一线 FOLFOX 方案化疗 12 周期，最佳疗效为疾病稳定，治疗 6.3 个月后疾病进展。
病例 2 接受空肠肿物与腹膜结节切除术，术后接受卡培他滨辅助化疗 5 周期，因毒性提前停药。术后 38.8 个月患者无病生存。
病例 3 因 Ⅱ 期错配修复功能正常（pMMR）SBA 接受 3 周期 FOLFOX 辅助化疗，因神经毒性提前停药。原发灶切除 60 个月后出现腹膜复发。复发时，PM 细针穿刺活检经免疫组化（IHC）检测为错配修复缺陷（dMMR），遂给予帕博利珠单抗治疗，疗效为疾病稳定，13 周期后疾病进展（无进展生存期：11.9 个月）。
病例 4 为非壶腹型十二指肠腺癌，伴多发肝及腹膜转移。因肠梗阻行腹腔镜胃肠道吻合术，启动一线治疗后因临床状况恶化中断治疗。
病例 5 为非壶腹型十二指肠第二段肿物，浸润肝脏与胰钩突。患者接受胰十二指肠切除术 + 局限性肝切除术，术中发现腹膜转移结节。术后接受 CAPOX 方案化疗，因不良反应 5 周期后停药。首次随访 CT 阴性，但术后 8 个月复查 CT 显示肝脏进展。启动 FOLFIRI 方案治疗，2 周期后因临床状况恶化停药，3.8 个月后死亡。
病例 6 接受腹腔镜空水电癌切除术（dMMR，Ⅱ 期），未接受辅助治疗。确诊 22 个月后检出 PM，因肿瘤负荷有限行腹膜切除术。
NGS分析及原发灶与转移灶对比
配对的 T 与 PM 样本采用商业化多基因靶向 Panel（AmoyDx® HANDLE Classic NGS Panel，新加坡安捷诊断）进行 NGS 分析。测序流程以从福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中提取的基因组 DNA 与 RNA 为起始，方法如既往所述；文库在 Illumina 平台（Miseq，美国 Illumina 公司）测序。测序数据初级分析采用 AmoyDx® NGS 数据分析系统（ANDAS，新加坡安捷诊断），二级与三级数据分析采用自制的多步分类算法，方法如既往所述。6 例患者的主要组织病理与分子特征总结于表 2 与图 1，T 与配对 PM 的形态学特征见图 2。除 1 例（病例 3）外，所有 SBA 病例的 T 与 PM 形态学特征及基因组谱均一致，该病例的转移灶中检出原发灶不存在的额外 KRAS 突变（表 2，图 2）。此外，原发灶与转移灶形态存在差异：T 为中分化（G2；腺体形成＞50%）pMMR 型 SBA，而异时性 PM 进展为实性结构的 dMMR 病灶（低分化，G3）（图 1）。基于单核苷酸微卫星的多重聚合酶链反应（PCR）进行的微卫星不稳定性（MSI）分子检测，方法如既往所述，证实 PM 为 MSI‑H状态。然而，NGS 检测显示病例 3 的 T 与 PM 均为微卫星稳定（MSS）。
表2
图1
图2
讨 论
本研究首次对 SBA 及配对 PM 进行基因组对比评估，为病灶间分子异质性及其临床意义提供了见解。
有趣的是，本队列中所有同时性转移病例的 T 与 PM 基因组谱均一致。这提示单个 SBA 患者的病灶间空间异质性水平较低，与近期一项进化分析结果一致，该分析显示空回肠腺癌的肿瘤内异质性低于 pMMR 结直肠癌。
在 2 例发生异时性 PM 的病例中，基因组谱分析显示原发灶中的突变在转移灶中持续存在，尽管 T 与 M 间隔时间较长，提示 T 中的突变为 “奠基性” 或驱动突变。值得注意的是，2 例均携带潜在可用药突变（即 ERBB2 与 IDH2 突变），提示靶向治疗策略的潜在疗效。此外，其中 1 例的 PM 基因组谱分析检出配对 T 中未发现的 KRAS 突变，变异等位基因频率高，提示克隆进化与扩增可能导致疾病异时性扩散的时空异质性。这种基因组进化与形态学进展为高级别实性生长模式，以及 IHC 检测从 pMMR 转为 dMMR 相关。多重 PCR 证实转移组织为 MSI‑H。相比之下，本例中 NGS 在原发与转移组织中均检测为 MSS，凸显 IHC 对准确评估 MMR 状态的重要性。事实上，美国病理学家协会同样推荐在 SBA 中采用 IHC 而非 NGS 评估 MMR，因为 NGS 可能无法检出某些类型的错配修复缺陷。多重 PCR 与 NGS 在判定 MSI 状态上的差异可能归因于两种方法分析的微卫星位点不同。然而，本例患者对帕博利珠单抗的应答欠佳，提示经 IHC 判定为 dMMR 但 NGS 判定为 MSS 的病例，对免疫治疗的应答可能劣于 IHC 与 NGS 均判定为 dMMR/MSI 的肿瘤。
原发灶与转移灶之间 MMR/MSI 状态的差异可解释为：原发肿瘤中存在微小 dMMR/MSI 克隆，采样组织未检出，但后续在转移灶中成为优势克隆。或者，分子变异（如 MLH1 启动子甲基化）可能在腹膜进展时导致 MSI。此外，潜在克罗恩病对肿瘤状态从 pMMR/MSS 转为 dMMR/MSI 的可能作用，有待在更大队列中进一步研究。鉴于 MSI 状态通常为奠基性分子变异，原发肿瘤内 MSI 状态的克隆异质性是比从 MSS 向 MSI 的克隆进化更可能的解释。事实上，结直肠癌患者队列中已有 MMR 状态异质性或原发灶与转移灶状态不一致的病例报道。少数 SBA 伴 dMMR 状态异质性的病例也有报道。同样需要认识到，在肿瘤初次评估时，MMR 蛋白 IHC 通常仅对整个肿瘤的单个组织蜡块进行检测，并非总能分析最具代表性的样本以充分评估肿瘤内异质性。此外，化疗后，两个克隆之一（dMMR/MSI 或 pMMR/MSS 克隆）可能成为优势克隆；本例中 MSI 克隆占优，可能通过继发性耐药机制增强生存能力。本队列中 RAS（KRAS 或 NRAS）突变检出率高（原发肿瘤 66.7%，PM 83.3%），提示 RAS 通路激活可能在 SBA 转移进展中发挥作用。这与既往 KRAS 突变与 SBA 侵袭性增强相关的数据一致。
尽管本研究结果受限于样本量小，但研究中观察到的时空异质性提示，原发肿瘤的基因组数据可可靠指导同时性转移疾病的治疗策略，而在制定治疗策略前，必须考虑异时性 PM 可能出现的分子变异。
鉴于孤立性 PM 发生率高且腹膜扩散时获取肿瘤标本困难，若在更大规模研究中得到验证，本研究结果可为指导临床决策提供有价值的见解。尽管基于血液的液体活检是捕获转移性 SBA 基因组异质性的新兴工具，但在腹膜疾病病例中，其效用可能受限，原因是肿瘤 DNA 释放入血的量极少。这进一步凸显转移灶直接取样的临床价值。
本研究存在若干局限性，包括回顾性设计、NGS 固有的方法学限制（如肿瘤含量低或覆盖度不足导致的假阴性）以及样本量小，这些均限制了结果的普适性。
总之，结合 NGS 与 IHC 对原发与转移性 SBA 病灶进行整合分子谱分析，可揭示具有重要临床意义的异质性，指导精准肿瘤学策略，并支持为这类罕见肿瘤制定更个体化、更有效的治疗方案。
参考文献：
Vanoli A, Parente P, De Lisi G, Travaglino E, Antoci F, Quaquarini E, Grillo F, Colella T, Antoniacomi C, Guerini C, Alberizzi P, Bortolotto C, Lenti MV, Pedrazzoli P, Fassan M, Paulli M, Di Sabatino A, Corallo S. Interlesional genomic heterogeneity in small bowel adenocarcinoma: evidence from matched primary and peritoneal metastatic lesions. Clin Res Hepatol Gastroenterol. 2026 May;50(5):102815. doi: 10.1016/j.clinre.2026.102815. Epub 2026 Mar 25. PMID: 41895657.