引言

我们的肠道不仅仅是消化食物的管道，它更是一个拥挤不堪、龙争虎斗的“地下城邦”。数以万亿计的微生物在这里安营扎寨，形成了一个极其复杂的生态系统。它们有的与我们和平共处，帮助我们消化、合成维生素；有的则伺机而动，可能引发各种疾病。

长久以来，医学界一直梦想着能向这个“城邦”派遣我们自己的“特工”——经过基因工程改造的细菌，也就是所谓的“活体药物”(living therapeutics)。让它们在肠道里精准地执行任务，比如生产药物、清除毒素，甚至调节免疫系统。这个想法很美好，但现实却很骨感。肠道这个“城邦”有着极其强大的“排外情绪”，专业上称之为“定植抵抗”(colonization resistance)。任何外来者，哪怕是带着善意和先进装备的“友军”，也很难在这里站稳脚跟，通常很快就会被土著微生物组成的“地头蛇”给排挤出去，随波逐流，最终被排出体外。

那么，我们能否找到一种方法，为我们的“细菌特工”打开一扇专属的“VIP通道”，让它能在肠道里安家落户，并且，最关键的是，我们还能对它进行“远程遥控”，任务完成或情况有变时，能让它安全撤离？

近日，一篇发表在《Science》上的重磅研究“Controlled colonization of the human gut with a genetically engineered microbial therapeutic”，为我们描绘了一幅激动人心的蓝图。研究人员不仅成功地将一支经过精心改造的“细菌特种部队”送入了人体肠道，实现了可控的定植，还让它执行了清除一种致病物质的特定任务。更令人惊叹的是，他们似乎真的找到了那把“远程遥控器”——一种来自海藻的特殊物质。这项研究既展示了活体药物疗法的巨大潜力，也揭示了通往未来医学之路上，我们必须面对的复杂挑战。

肠道“黑帮”的地盘：如何让我的“小弟”在此扎根？

要理解这项研究的巧妙之处，我们先回到那个核心难题：定植抵抗。想象一下，你想在一个已经饱和的城市里开一家全新的餐厅。你的竞争对手不仅数量众多，而且早已熟悉了所有顾客的口味和供应链。你这家新餐厅想活下来，难于上青天。肠道就是这样一个“饱和的城市”，原住民微生物牢牢占据了所有的生存空间和食物来源。

传统的“活体药物”策略，就像是把这家新餐厅硬塞进一条拥挤的美食街，然后期望它能靠着“产品优势”自己杀出一条血路。结果往往是惨淡的。研究人员意识到，硬碰硬不行，必须智取。他们需要为自己的“细菌特工”创造一个独一无二的竞争优势，一个别的细菌都没有的“独门绝技”。

他们的目光投向了一种叫做紫菜聚糖 (porphyran) 的物质。这是一种复杂的多糖，主要存在于我们常吃的海苔（紫菜）中。最有意思的一点是，对于大多数西方人的肠道微生物群来说，紫菜聚糖就像是一本“天书”。一项背景调查显示，大约只有2%的西方人体内，存在能够消化紫菜聚糖的“原住民”细菌。

这就意味着，紫菜聚糖可以成为一个“专属的VIP自助餐”。如果研究人员能教会他们的“细菌特工”如何享用这道大餐，那么当他们向肠道内投放这种细菌，并同时让受试者食用紫菜聚糖时，这个“细菌特工”就有了源源不断的、几乎没有竞争的食物来源。这就好比在那条拥挤的美食街上，你开的餐厅是唯一一家能使用一种特殊、美味且供应充足的食材的，你的生存几率无疑会大大增加。

研究人员选择的“改造对象”是一种叫做普通拟杆菌 (Phocaeicola vulgatus) 的细菌。选择它并非偶然，因为这种细菌是人类肠道中的“名门望族”，本身就是工业化社会人群肠道菌群里的优势成员之一。改造一个“本地人”总比派一个完全陌生的“外来户”要容易得多。他们通过基因工程技术，将一套负责分解利用紫菜聚糖的基因簇，即“紫菜聚糖利用位点” (porphyran utilization locus, PUL)，植入了普通拟杆菌的基因组中。

就这样，一个掌握了“独门武功”的“细菌特工”诞生了。它不再需要在拥挤的餐桌上和成千上万的“土著”抢食，而是可以悠闲地享受着为它特供的“紫菜聚糖”大餐。这个巧妙的设计，为攻克“定植抵抗”这一百年难题，提供了一把极具潜力的钥匙。

使命必达，事了拂衣去：如何给细菌装上“自毁”开关？

为“细菌特工”找到了“铁饭碗”只是第一步。一个更重要、关乎安全性的问题摆在面前：如何确保这支“特种部队”是可控的？如果治疗结束了，或者万一出现了意想不到的副作用，我们不希望它永久地驻扎在肠道里。我们需要一个可靠的“撤退”信号，一个能让它“事了拂衣去，深藏功与名”的机制。

换句话说，研究人员需要给这个细菌装上一个“自毁开关”，而且这个开关的遥控器，最好还是那个“VIP自助餐”——紫菜聚糖。

他们采用了一种名为“条件性弱化”(conditional attenuation) 的策略。其核心思想是，让细菌的生存，不仅仅是它的“繁荣”，而是最基本的“存活”，都死死地与紫菜聚糖的存在绑定在一起。

具体来说，研究人员在细菌的基因组里找到了一个“命门”基因。这个基因叫做 argS，它编码一种名为“精氨酰-tRNA合成酶” (arginyl-tRNA synthetase) 的蛋白质。这个酶的作用是为蛋白质的合成准备好关键的原材料（精氨酸）。没有它，细菌就无法合成任何蛋白质，细胞生长会立刻停止，最终走向死亡。这是一个绝对的“必需基因”(essential gene)。

接下来，研究人员动了一个“大手术”：他们将这个 argS 基因原有的、细菌自身控制的“开关”（也就是启动子），给剪掉了。然后，换上了一个全新的“智能开关”——一个紫菜聚糖诱导型启动子 (porphyran-inducible promoter)。这个新开关的特点是，只有当它“闻到”紫菜聚糖分解产物的气味时，才会“开闸放行”，允许 argS 基因被读取和表达。

这样一来，一个巧妙的逻辑链条就形成了。当存在紫菜聚糖时，智能开关闭合，argS 基因正常表达，细菌能合成蛋白质，从而可以存活和生长。反之，当饮食中缺少紫菜聚糖时，智能开关断开，argS 基因沉默，细菌无法合成蛋白质，最终无法生长并被清除。紫菜聚糖从一个“锦上添花”的食物，变成了一个“不可或缺”的生存信号。这就像给一辆超跑配了一把特制的钥匙，这把钥匙不仅决定了车能跑多快，更决定了引擎能否点火。

为了验证这个“自毁开关”是否可靠，研究人员在无菌小鼠模型中进行了测试。他们首先给小鼠肠道里植入了接种了四种不同人类粪便菌群的复杂微生物群落，使其更接近真实的人体环境。然后，他们给这些“人源化”小鼠喂食了两种不同的工程菌：一种是只携带了紫菜聚糖利用基因（PUL）但没有“自毁开关”的NB144菌株；另一种则是既有PUL又有“自毁开关”（即argS基因被紫菜聚糖调控）的NB1000S菌株。在最初的28天里，所有小鼠的饮食中都添加了紫菜聚糖。两种菌株都在小鼠肠道内成功定植。关键的考验发生在第28天后，研究人员停止了紫菜聚糖的供应。

结果戏剧性地出现了分化：在那些喂食了没有“自毁开关”的NB144菌株的小鼠中，即使没有了紫菜聚糖，这些细菌依然在肠道里活得很好，其数量维持在每克粪便10⁵到10¹⁰拷贝数的高水平。而在喂食了带有“自毁开关”的NB1000S菌株的8只小鼠中，有5只体内的工程菌数量在撤除紫菜聚糖后迅速崩溃，直接降到了检测限以下，意味着它们几乎被完全清除了。这个实验有力地证明了，“自毁开关”是有效的。通过简单地控制饮食中的紫菜聚糖，研究人员就能实现对这支“细菌特种部队”的召集与遣散。

“疯狂的石头”终结者：让细菌变身“草酸盐”粉碎机

有了平台技术，接下来就是寻找一个合适的“战场”来检验它的实战能力。研究人员选择了一个与肠道功能密切相关的疾病——肠源性高草酸尿症 (Enteric Hyperoxaluria, EH)。

“草酸盐”(oxalate) 是一种广泛存在于菠菜、坚果等植物性食物中的小分子。正常情况下，我们肠道中的一些有益菌会把它分解掉。但如果这些细菌因为使用抗生素等原因减少了，或者因为某些疾病（如胃绕道手术）导致肠道吸收模式改变，过量的草酸盐就会从肠道溜进血液。进入血液后，它会与钙离子结合，形成草酸钙结晶。这些结晶是肾结石最主要的成分，会给患者带来剧烈的疼痛和肾损伤。EH就是这样一种由于肠道草酸盐吸收过多而导致的疾病。

研究人员的目标，就是将他们的“细菌特工”NB1000S，打造成一台高效的“草酸盐粉碎机”。他们再次运用基因工程技术，在NB1000S的基因组中，除了“VIP通行证”（PUL基因）和“自毁开关”（条件性*argS*基因）外，又额外集成了一个包含五个基因的“草酸盐降解流水线”。经过一系列的筛选和优化，他们得到了一株降解效率极高的菌株。在实验室的模拟肠道环境中，当细菌密度达到每克10¹⁰个菌落形成单位(CFUs)时，它每小时能降解高达15毫摩尔(mM)的草酸盐，显示出强大的“作业能力”。

在真实的动物模型中，这台“草酸盐粉碎机”表现如何？研究人员首先构建了饮食诱导的EH大鼠模型，通过给大鼠喂食富含草酸盐的菠菜来模拟人类的患病状态。结果令人振奋，与对照组相比，接受治疗菌株的大鼠，其尿液中的草酸盐水平显著下降了47%。这表明，“细菌特工”确实在肠道内辛勤工作，有效地拦截并降解了饮食中的草酸盐。

为了进一步模拟更复杂的人类临床情况，研究人员还使用了Roux-en-Y胃绕道手术 (RYGB) 的大鼠模型。这是一种常见的减肥手术，但它有一个已知的副作用，就是会显著增加患者患上EH和肾结石的风险。实验结果再次提供了强有力的证据：接受了RYGB手术并定植了对照菌株的大鼠，其尿液草酸盐水平比未做手术的对照组飙升了51%，完美复现了手术导致的EH症状。而同样接受了RYGB手术，但定植了治疗菌株的大鼠，其尿液草酸盐水平完全没有升高，与健康大鼠无异。这意味着，这支“细菌特种部队”不仅能处理普通饮食带来的草酸盐负荷，甚至还能完全抵消因重大生理改变（如胃绕道手术）而引发的病理性草酸盐吸收增加。

人体“实战”初体验：海藻，请指示！

动物实验的成功，为走向人体临床试验铺平了道路。这是最关键的一步，因为实验室里的“优等生”在真实、复杂的人体环境中，可能会遇到各种意想不到的状况。研究人员设计并启动了一项名为NOV-001-CL01的临床试验，第一阶段招募了39名健康的志愿者。

试验结果首先揭示了“可控性”的成功。志愿者的肠道对“遥控信号”的响应非常清晰：紫菜聚糖的剂量与NB1000S的定植水平呈现出明确的剂量依赖关系。具体来说，紫菜聚糖的每日摄入量每增加五倍，粪便中NB1000S的数量就大约增加十倍。这就像调节遥控器的功率旋钮，功率越大，信号越强，部队的规模就越大。

接下来是“可撤退”特性的检验。在14天的紫菜聚糖摄入期结束后，志愿者们停止食用紫菜聚糖。在19名成功定植的志愿者中，有15个人体内的NB1000S数量在停药后迅速下降，最终降至检测限以下。为了确认这种清除是彻底的，研究人员在停药后56到98天，对其中6名已经检测不到细菌的志愿者进行了一次“再挑战”：让他们连续7天再次食用紫菜聚糖。结果，在这6名志愿者中，NB1000S都没有“死灰复燃”。这表明，在大多数健康人体内，这个基于紫菜聚糖的“自毁开关”是有效的。

然而，试验也并非一帆风顺。那4名未能完全清除细菌的志愿者，揭示了潜藏的风险。研究人员对他们粪便中“幸存”下来的NB1000S进行了基因测序，结果发现了问题的根源——“逃逸突变” (escape mutants)。这些细菌的“自毁开关”被自己“撬开”了。在其中两例中，负责感应紫菜聚糖信号的那个“传感器”蛋白发生了单点突变；在另外两例中，则发生了更复杂的基因组重排。这些“叛变”的细菌，摆脱了对紫菜聚糖的依赖，从而在肠道中顽固地存活了下来。这一发现敲响了警钟：单层的安全锁，在面对微生物惊人的进化和适应能力时，可能还不够牢固。

风云突变：当“特种兵”遇上真正的“战场”

在健康志愿者身上取得初步成功后，研究进入了第二阶段（Phase 2a），这一次，NB1000S将要面对真正的“战场”——患有肠源性高草酸尿症(EH)的病人。这些病人的肠道环境，因为原发疾病和/或先前接受的胃绕道手术，本身就处于一种“失衡”和“病态”中。

“特种部队”进入这个混乱的战场后，情况变得复杂起来。首先，定植效果不如健康人。在EH患者中，NB1000S的定植水平普遍更低，且个体差异更大。而一个更令人意外的发现是：在EH患者的样本中，代表“VIP通行证”的紫菜聚糖PUL基因的拷贝数，常常远远高于代表“作战装备”的草酸盐降解基因的拷贝数！

这个“信号失配”背后，隐藏着一个惊人的事实：水平基因转移 (Horizontal Gene Transfer, HGT)。HGT是微生物世界里的“基因交易”现象。细菌之间可以直接在个体之间“分享”或“窃取”DNA片段。数据揭示了两种可能的情况，而后续的基因组测序证实了这两种情况都真实发生了：一是“武功秘籍”被盗，即NB1000S的PUL基因被患者肠道内的某些“土著”细菌给“偷”走了。二是“特种兵”自废武功，即NB1000S自身发生了大规模的基因组重排或删除，它保留了能让它吃饭的PUL基因，却把沉重的“作战装备”给丢掉了。这些发现揭示了肠道生态系统令人敬畏的动态性和复杂性。我们的“特种部队”要么被缴械，要么其核心技术被敌人掌握。

道高一尺，魔高一丈：打造防“叛变”、防“泄密”的2.0版细菌

面对“逃逸突变”和“水平基因转移”这两个强大的“敌人”，研究人员没有退缩，而是选择直面挑战，从工程学的角度寻求解决方案。这就像一场持续的“军备竞赛”，需要不断升级自己的技术，来应对新的威胁。

如何防止“叛变”（逃逸突变）？答案是：冗余。 既然一道锁容易被撬开，那我们就上三道锁！研究人员设计了“三层条件性弱化”的新策略，将三个不同的必需基因与紫菜聚糖信号挂钩。这样一来，一个细菌想要“叛变”，必须同时、独立地在三个不同的系统上都发生特定的“幸运”突变，其概率小到可以忽略不计。在实验室测试中，这种2.0版的“三锁”菌株表现出了卓越的稳定性，被完全清除，没有出现任何“逃逸”和“反弹”。

如何防止“泄密”（水平基因转移）？答案是：物理隔离。 研究人员发现，如果将PUL基因簇中两个关键的、必须协同工作的基因，在染色体上的位置人为地拉开很远，那么包含整个PUL功能的HGT事件的频率，会急剧下降超过10,000倍！ 这就像是把一张藏宝图撕成两半，分别藏在两个很远的地方，大大降低了秘密被完整窃取的风险。

一把通往未来的钥匙，以及它打开的“潘多拉魔盒”

这项发表在《科学》上的研究，无疑是微生物工程治疗领域的一个里程碑。它像一把钥匙，为我们打开了一扇通往未来的大门。它首次在人体临床试验中，如此清晰地证明了“可控定植”这一核心概念是可行的。我们确实可以利用一个专属的营养生态位，像遥控器一样，精确地调节工程菌在人体内的丰度，并能在需要时将其安全清除。

然而，这把钥匙在打开大门的同时，也仿佛打开了一个“潘多拉魔盒”。它让我们窥见了肠道这个“真实战场”的残酷与复杂。逃逸突变和水平基因转移，不再是教科书上遥远的概念，而是活体药物走向临床应用时，必须正面应对的、真实存在的巨大障碍。特别是在疾病状态下，失衡的肠道微生态本身，可能就是一个促进这些不稳定事件发生的“催化剂”。

这项研究的伟大之处，恰恰在于它毫不避讳地展示了成功与挫折。它告诉我们，从实验室的完美设计，到目标患者群体的复杂挑战，每一步都充满了变数。这并非一个失败的故事，而是一个极其宝贵的、充满启示的探索过程。它为整个领域提供了下一阶段的“作战地图”：我们知道了哪些堡垒可以被攻克，也知道了哪些地方埋着地雷。

从用海藻远程遥控肠道里的“细菌特种部队”，到目睹它们在复杂战场上的“基因风云”，这项研究让我们对“活体药物”的未来，有了更清晰、也更冷静的认识。前路漫漫亦灿灿，这扇通往全新治疗模式的大门，已经被坚定地推开了一道缝隙，而从缝隙中透出的光芒，足以照亮前行的道路。

参考文献

Whitaker WR, Russ ZN, Stanley Shepherd E, Popov LM, Louie A, Lam K, Zong DM, Gill CCC, Gehrig JL, Rishi HS, Tan JA, Buness A, Godoy J, Banta D, Jaidka S, Wilson K, Flood J, Bukshpun P, Yocum R, Cook DN, Warsi T, McLean L, Sonnenburg JL, DeLoache WC. Controlled colonization of the human gut with a genetically engineered microbial therapeutic. Science. 2025 Jul 17;389(6757):303-308. doi: 10.1126/science.adu8000. Epub 2025 Jul 17. PMID: 40674481.

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