在癌症治疗领域，基因检测作为辅助医生制定患者个体化治疗的重要依据，受到临床认可。然而，当我们翻阅基因检测报告时，报告上的专业术语常常引起诸多疑惑，其中，“突变丰度”，它是什么？代表什么意义？和治疗有关吗？那么，今天我们就深度且直白地解说“突变丰度”。

图1 基因检测报告

一、知其然，基因突变丰度代表什么？

基因突变丰度，也被称作突变频率，是一项用以衡量基因检测样本中突变基因相较于所有（突变+未突变）基因比例的指标。简单来说，就是基因检测的样本里，特定基因突变发生的比例，可以抽象地理解成突变浓度。

结合实际样本分析，用于检测的样本并非单纯由肿瘤细胞构成，其中还可能混杂着正常组织细胞，导致并非所有检测到的基因都会呈现出突变状态，也就是体细胞突变丰度≠100%。以EGFR基因L858R位点的检测为例，只有肿瘤细胞中的EGFR基因更易发生L858R突变，报告显示位点突变丰度为40%，这意味着检测过程中这个位点检测结果40%比例是突变的，剩下60%则是未突变的（可能来自正常组织细胞的检出）。所以，样本中肿瘤细胞的含量便成为决定基因突变丰度的重点要素。这也是为何我们在做检测前要做肿瘤细胞占比的原因之一！

图2 从测序流程讲突变丰度^[1]

当然，需要特殊说明一点，涉及先天性遗传的基因胚系突变位点，它的丰度往往是50%或者100%左右，丰度呈现出偏向性数值。至于为何是这个现象？简单地说，胚系突变遗传自父母之一，则为50%，同时遗传自两人，则为100%。

二、知其所以然，哪些因素可能会影响基因突变丰度？

在临床实践中，患者提供的样本类型多样，有手术切除组织、穿刺或内镜获取的组织样本，还有胸水上清和血液等液体标本。

前文提及，组织标本里肿瘤细胞含量是影响突变丰度的关键因素，一般来说，肿瘤细胞越多，检出的突变丰度就越高^[2]。所以采集基因检测的组织标本时，要求尽量选取富含肿瘤细胞的部分。至于血液等液体样本，肿瘤细胞释放到血液中的游离DNA（ctDNA）易受血液中多种因素干扰，而且其肿瘤含量通常低于组织样本，故而突变丰度低的情况更为常见。

所以，手术组织、穿刺活检组织、胸腹水和血液样本，因来源和性质不同，对同一位点的突变丰度检出结果可能存在差异。而且，在肿瘤发展进程中，受细胞增殖、机体免疫等因素影响，基因突变状态不断变化，导致同一患者不同类型或不同时间（如靶向治疗前后）采集的样本，其基因突变丰度检测结果也会不同。另外，检测技术方法也会影响结果，一代测序是定性检测，无法给出突变丰度，二代测序则可以进行判读。

由此可见，包括标本的取材方式，取材部位，样本类型，肿瘤细胞含量以及检测技术等多种因素都可能是影响检测丰度的原因。

三、进而深究，突变丰度高低与靶向治疗有关吗？

看完上述介绍，您可能已经明白，组织标本检测，影响突变丰度的因素可能有肿瘤细胞含量和取材情况等，而液体标本检测，则不能代表实际肿瘤组织的丰度面貌。那么，单独通过检出的突变丰度绝对值评估靶向治疗疗效高低，是比较片面。

我找到了2017年发表的一篇综述研究，研究里荟萃了多篇研究^[3]，提到初治患者的基线EGFR丰度似可预测TKIs疗效，但也有不同的研究结果，没有明确的结论^[4-5]。但理论上,只要标本中检出了突变，就代表靶向治疗的可行性，只不过治疗后，疗效明显程度罢了。

图3 摘自《EGFR突变丰度的检测及其临床意义》

那么报告中的突变丰度难道就没用了吗？当然不是，在《肿瘤二代测序临床报告解读共识》中对突变丰度做了相对数值的解读^[6]。比如1份肺癌组织样本中，同时检出EGFR 19del和ALK重排，二者相对丰度为5∶1；结合患者既往EGFR-TKI长期治疗史，我们有较大把握推断，该ALK重排为获得性耐药机制，而非EGFR/ALK双原发肿瘤。又例如，1例初诊晚期肺腺癌患者，行组织NGS检测发现其携带EGFR L858R突变（突变丰度56%），同时也携带ERBB2基因S310F突变（突变丰度12%），从NGS检测结果推测携带EGFR L858R突变的细胞为肿瘤主克隆，而ERBB2仅为致病性相对较弱的亚克隆。该患者接受一线奥希替尼治疗疗效为部分缓解（PR），PFS达5个月。

所以，可以说，在一份报告同时检出多个基因突变时，相对丰度可能为患者提供更可靠的治疗信息，这也直接提示NGS多基因检测的关键意义。

图4 摘自专家共识案例

总结一下，清晰地了解突变丰度，有助于患者更好地理解自己的基因检测报告，也能对即将接受的治疗有更清晰的预期。不过，基因检测报告带来分子层面的信息，实际治疗方案的制定更是需要综合多方面因素考量。随着医学技术的飞速发展，基因检测将不断助力癌症治疗走向更精准和有希望的未来。

参考文献：

[1]Matsumura, S., Fujita, Y., Yamane, M. et al. A genome-wide mutation analysis method enabling high-throughput identification of chemical mutagen signatures. Sci Rep 8, 9583 (2018).

[2]Cheng J, He J, Wang S, Zhao Z, Yan H, Guan Q, Li J, Guo Z, Ao L. Biased Influences of Low Tumor Purity on Mutation Detection in Cancer. Front Mol Biosci. 2020 Dec 23;7:533196. doi: 10.3389/fmolb.2020.533196. PMID: 33425983; PMCID: PMC7785586.

[3]邵宜,钟殿胜.EGFR突变丰度的检测及其临床意义[J].中国肺癌杂志, 2017, 20(8):6.DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2017.08.13.

[4]Zhou Q, Zhang XC, Chen ZH, et al. Relative abundance of EGFR mutations predicts benefit from gefitinib treatment for advanced nonsmall-cell lung cancer. J Clin Oncol, 2011, 29(24): 3316-3321.

[5]Chiu CH, Ho HL, Chiang CL, et al. Clinical characteristics and treatment outcomes of lung adenocarcinomas with discrepant EGFR mutation testing results derived from PCR-direct sequencing and realtime PCR-based assays. J Thorac Oncol, 2014, 9(1): 91-96

[6]二代测序临床报告解读肿瘤学专家组.肿瘤二代测序临床报告解读共识[J].循证医学, 2022(002):022.

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