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精神分裂症被认为是一种具有复杂多基因结构的疾病,遗传变异对其贡献较大,同时也受到环境因素的显著影响。DNA甲基化作为表观遗传机制之一,调节基因表达,是遗传与环境风险之间的桥梁。精神分裂症的DNA甲基化研究已经发现多个与该病相关的基因位点,但这些研究主要关注的是甲基化均值的变化,关于甲基化变异在精神分裂症异质性中的作用尚不明确。因此,本研究的目标是通过大规模Meta分析,确定精神分裂症中甲基化变异的特定位点,并揭示这些位点如何影响个体的表型差异。
研究收集了来自三个大型精神分裂症病例对照队列的血液DNA甲基化数据,分别是伦敦大学学院(UCL)、都柏林精神分裂症基因组学联盟(DUB)和伦敦国王学院(IoPPN)队列。总共有1036名精神分裂症患者和954名非精神科对照参与了本次研究。DNA甲基化数据通过Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip进行测量,并通过一系列质量控制步骤处理后,使用Levene's Test等统计方法评估甲基化变异位置。为了增加统计能力,研究还对首次发病的精神病患者(FEP)进行了额外的分析,比较了这些患者与非精神病对照的DNA甲基化变异。
图1: 精神分裂症与首次发病精神病患者的DNA甲基化变异模式分析工作流程图
在精神分裂症中,有213个VMPs与疾病显著相关,其中17个位点达到全基因组显著性水平。与甲基化均值的变化不同,大多数VMPs表现出较高的变异,这些变异位点与先前研究中与神经功能相关的基因有重叠,如SLC6A12、GABB1R和CACNA1C。此外,研究还发现,精神分裂症患者的甲基化变异与其年龄、认知缺陷和症状严重程度等临床特征显著相关。例如,在首次发病精神病患者中,发现了与STK19基因相关的显著VMP,该基因与精神分裂症风险相关。进一步的分析还表明,精神分裂症患者的甲基化变异不仅在血液中可检测到,还可以在脑部特定区域如小脑、海马、前额叶皮质和纹状体中发现相应的变化。
图2: 与精神分裂症相关的甲基化变异分布图
本研究通过Meta分析揭示了精神分裂症与DNA甲基化变异的广泛关联,特别是在神经功能相关的基因中。研究结果表明,甲基化变异可能是导致精神分裂症个体间表型差异的重要因素,这为未来通过甲基化标记进行个体化干预和治疗提供了理论基础。此外,研究还发现血液中的VMPs可能可以作为脑部病变的替代生物标志物,这为非侵入性诊断和监测精神分裂症进展提供了新的可能性。然而,研究也指出,需要进一步的大样本验证来确认这些发现,尤其是在脑组织中的甲基化变异模式。此外,甲基化变异的功能意义尚需进一步探讨,未来的研究可以关注这些变异对基因表达和神经功能的具体影响。
文献出处:
Kiltschewskij DJ, Reay WR, Cairns MJ. Schizophrenia is associated with altered DNA methylation variance. Molecular Psychiatry. 2024. https://doi.org/10.1038/s41380-024-02749-5
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