通过使用ChIA-PET，Hi-C及其衍生物的近距离连接，染色质相互作用的全基因组图谱已经能够将基因与它们的顺式调控元件连接起来。然而，这些方法需要数百万个输入单元来获得高质量的数据，因此不适合许多只有有限单元可用的研究。

2023年1月13日，浙江大学阮一骏及美国杰克逊实验室基因组医学研究所Chia-Lin Wei共同通讯在Nature Communications 在线发表题为“ChIATAC is an efficient strategy for multi-omics mapping of 3D epigenomes from low-cell inputs”的研究论文，该研究表明ChIATAC是一种从低细胞输入对3D表观基因组进行多组学映射的有效策略。在ATAC-seq中通过转座酶消化的表观基因组分析只需要数百到数千个细胞就能牢固地映射与转录活性相关的开放染色质，但它不能直接将活性基因与其远端增强子连接起来。

该研究结合了ChIA-PET中的近距离连接和ATACs中的转座酶可达性，有效地映射了低数量输入细胞中开放染色质位点之间的相互作用。该研究在果蝇细胞中验证了ChIATAC，并对其进行了优化，以便在人类细胞中稳健地绘制3D表观基因组。将ChIATAC应用于原代人T细胞，该研究揭示了T细胞激活过程中拓扑调节转录程序的机制。